Располагался на сев.-зап. окраине г. Мценска, у впадении оврага Прудище в р. Зуша. Точная дата основания М. м. неизвестна. Считается, что мон-рь был устроен в кон. XVI - нач. XVII в. в связи с возведением Малого острога за пределами Мценска (Иерофей (Добрицкий). 1900. С. 3). Возможно, впервые М. м. упоминается в писцовой книге Галичской четверти Василия Васильевича Чернышёва и подьячего Осипа Богданова по г. Мценску 1624/25 г., в к-рой значатся 2, вероятно, монастырских деревянных «клецких» храма: во имя апостолов Петра и Павла и в честь Введения во храм Пресв. Богородицы с приделом прор. Илии, а также кельи. В 80-х гг. XVII в. на средства стольника С. В. Рагозина возведена 7-главая каменная ц. в честь Введения во храм Пресв. Богородицы с приделами во имя апостолов Петра и Павла и прор. Илии. К кон. XVII в. разросшаяся Стрелецкая слобода Малого острога стала стеснять монахов, и воеводы Мценска начали изгонять их из Малого острога. По легенде, один из воевод сжег М. м.
22 дек. 1694 г. указом митр. Сарского и Подонского Евфимия (Рылкова) М. м. был переведен на новое место - окраину Мценска, в овраг Прудище на р. Зуша. Эту территорию пожаловали насельникам дворяне Протасовы, считавшие себя в родстве с правосл. членом Рады Великого княжества Литовского боярином и наместником Мценска Григорием Протасьевичем, переехавшим на службу в Москву вместе с родителями прп. Даниила Переславского в сер. 30-х гг. XV в. Возможно, в кон. XVII в. Протасовы стремились возродить свои духовные связи с местом службы предка.
Благотворители М. м.- помещики Рагозины обратились к воеводе с жалобой на Протасовых за то, что они якобы «сманивали» монахов перейти на новое место. Воевода спросил у братии, где они хотели бы жить, и те указали на новое место (Он же. 1858. С. 26-27). При переезде насельники с настоятелем (1687-1695) игум. Германом почти ничего не взяли с собой. К 1858 г. из монастырского имущества сохранилось лишь Евангелие с серебряными наличниками, на к-рых была сделана надпись о дарении помещиками Рагозиными в 1684 г. (Там же. С. 27). Со временем вокруг М. м. возникла Подмонастырская (Игумнова) слобода.
После переезда мон-ря церковь, отстроенная в 80-х гг. XVII в., стала приходской, в 1930 г. была закрыта, в 1947 г. возвращена верующим и более не закрывалась.
В 1695 г., при игум. Германе, заложен и вскоре построен кирпичный собор в честь Покрова Пресв. Богородицы с приделом во имя апостолов Петра и Павла - бесстолпный одноглавый 2-светный четверик с 3-частным алтарем. К 1764 г., при игум. Моисее, на территории М. м. находились помимо собора деревянная ц. в честь Сретения Господня над св. воротами, 2 настоятельские (с сенями) и 7 братский келий, ветхая хлебня, житенный амбар, склад и погреб. Вокруг М. м. была кирпичная ограда длиной 175 саж. (ок. 350 м) с 2 башнями и 2 воротами. Во 2-й пол. XVII в. М. м. имел 4 двора крестьян, к 1744 г. за обителью числились 74 крестьянина в Игумновой слободе (ЧОИДР. 1860. Кн. 3. Отд. 1. С. 149). В 1722 г. она была приписной к Троице-Сергиевому монастырю (ОДДС. Т. 2. Ч. 2. Прил. 68. № 18). До 1764 г. М. м. владел 4 дес. земли, где располагались монастырские постройки, березовая роща, 2 огорода и сад.
В 1764 г. земельные владения у мон-ря были изъяты, и обитель выведена за штат. Согласно описи мон-ря 1788 г., кроме единственного каменного собора в честь Покрова Пресв. Богородицы с приделом во имя апостолов Петра и Павла и колокольней, на территории М. м. находились 2 настоятельские кельи, ветхая деревянная хлебня, 3 братские кельи, в т. ч. одна без печи, и 2 ветхих амбара. После 1788 г. возведена деревянная ц. в честь иконы Божией Матери «Знамение». В обители проживали не более 10 чел. (Иерофей (Добрицкий). 1858. С. 39-40).
В кон. XVIII в. помещики Лукины передали обители 56 дес. земли, из к-рых 46 дес. были пригодны для хлебопашества, имп. Павел I Петрович пожертвовал 26,5 дес. земли и мельницу в Севском у. Рост доходов в 1-й пол. XIX в. позволил приступить к масштабному строительству. В 1807 г. была разобрана колокольня, и в 1812 г., вероятно на ее месте, построена 3-ярусная кирпичная колокольня. На ней - 8 колоколов, самый большой из к-рых отлит в 1858 г. бронницкими купцами П. С. и М. Т. Хоботовыми и весил 313 пудов 12 фунтов. В юго-вост. углу монастыря, на месте разобранной деревянной Знаменской ц., был возведен одноименный 2-этажный кирпичный храм (1813-1821) в стиле классицизма. В 1848 г. церковь перестроили для совершения зимних богослужений, в ней появился сев. престол во имя апостолов Петра и Павла. Под храмом, на нижнем этаже, разместились различные службы: братская трапеза с поварней, столярная и кладовая.
Подвергся внутренней перестройке и Покровский собор. Так, в 1809 г. сооружена соборная паперть в стиле классицизма. 19 авг. 1812 г. придел апостолов Петра и Павла переосвящен во имя блгв. кн. Александра Невского. Придел, пристроенный к церкви с юж. стороны, освящен 11 сент. того же года во имя апостолов Петра и Павла, но и он 16 окт. 1852 г. был переосвящен в честь иконы Божией Матери «Споручница грешных».
В 1847 г., при настоятеле (1846-1860) архим. Иерофее, обновлен старый братский корпус, а в следующем году возведен еще один, 4-келейный. В 1852 г. выстроен настоятельский корпус, на нижнем каменном этаже которого оборудовали малую кухню, просфорню и 3 братские кельи. Ограда, конюшни и скотный двор, а также баня были каменные, проч. постройки - деревянные на каменных фундаментах. В 1854-1855 гг. юж. часть ограды разобрали и вместо нее на нек-ром расстоянии построили новую, с 2 башнями, крытыми железом, прибавив тем самым мон-рю земли. В 1856-1857 гг. с вост. стороны также была выстроена каменная ограда с въездными воротами. Скотный двор с избой, конюшня с экипажным помещением первоначально находились внутри обители, но между 1846 и 1853 гг. вынесены за ограду и устроены вновь на каменных столбах, был построен также сарай для хранения сена.
В г. Мценске мон-рю принадлежала стоявшая на Московской ул. часовня во имя святых Кирика и Иулитты (XVIII в.) с кельями. В 1857-1860 гг. на месте часовни попечением архим. Иерофея выстроена кирпичная ц. во имя Всех святых, приписанная к обители. В 1887 г. сооружены боковые приделы во имя святых Кирика и Иулитты и во имя прмч. Иоасафа. Церковь была закрыта в 30-х гг. XX в., окончательно разрушена после войны. По воспоминаниям очевидцев, некая часть храма, «которую местные жители называли «часовней», еще стояла после войны и, более того, в ней шла служба». Вскоре храм был разрушен. С 1855 г. ежегодно 12 авг. совершался крестный ход из М. м. по городу.
К 1858 г., при архим. Иерофее, в штате М. м. состояли 37 насельников и 9 служителей, к 1900 г.- 46 чел. Годовой доход составлял 414 р. 90 к. В 1907 г. во владении монастыря имелось 376 дес. земли, мельница в Севском у., ок. 10 голов рогатого скота и 10 лошадей. В 2 школах при М. м. обучался 151 ученик. На территории обители захоронены представители дворянских родов: Шеншиных (на паперти собора), Протасовых, Хованских, Юсуповых, Шеиных, Кривцовых, Офросимовых и др. Кроме того, в мон-ре погребены мн. игумены, строители и архимандриты. Архим. Иерофей замечал, что «достохвальнейшей чертой» обители было то, «что она никогда и ни с кем не имела тяжебных и спорных дел, и ни к чему не простирала излишних домогательств» (Иерофей (Добрицкий). 1858. С. 36).
Самыми древними из книг б-ки М. м. являлись рукописное Евангелие (XVI в.?), Трифологий (М., 1637), а также планы и межевые книги мон-ря 1788-1797 гг. Ризница и б-ка были значительно расширены в 1820 г., когда в мон-рь поступило имущество орловского Успенского мон-ря. Чтимыми святынями были иконы Христа Спасителя (размером в человеческий рост), Толгский образ Божией Матери, икона Божией Матери «Знамение» и Тихвинский образ Божией Матери (1752).
В 1923 г. М. м. закрыли, в 30-х гг. XX в. в постройках устроили тюрьму для раскулаченных крестьян. В Знаменской ц. располагался клуб железнодорожников («Клуб Ильича»), где устраивались киносеансы. В годы Великой Отечественной войны близ Мценска проходили бои, городским постройкам был нанесен немалый ущерб. В здании Знаменской ц. в 60-х г. XX в. была открыта спортивная школа, затем мастерские. К 2017 г. сохранились алтарные апсиды Покровского собора, а также келейный корпус и остатки ограды. Знаменская ц. утратила колокольню и ротонду над центральным четвериком, но основное помещение сохранилось. Храм передан правосл. общине, с 18 июля 2004 г. в нем регулярно совершаются богослужения.